ホーリーロードでの戦いを終え、主人公・松風天馬は、サッカーを子供たちに教えるため、沖縄にいた。その活動を終えて、雷門に戻ってきた天馬は、サッカー棟に向かい、部員を探すが見当たらない。そこに不思議な風貌の少年「アルファ」が現れる。「お前からサッカーを消去する」200年後の未来から来たという彼らの目的は、サッカーをこの世から消去する事。圧倒的な力で打ちのめされる天馬だが、謎の少年フェイに助けられる。天馬達はサッカーの消去を阻止すべく、時空をめぐる冒険に旅立つのだった。